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虽然国税总局文件的直接效果是导致股市中的房地产股全线崩溃，但土地增值税究竟对房地产业和房价会产生怎样的影响，仍然有待观察。
与金融政策相比，财政税收政策对国民经济的调控效果来得更为直接，因而税收政策的运用往往被看作是政府实施产业政策的直接手段，国家对土地增值税的严格征收，无疑会给房地产行业带来直接的影响。
对房地产业的影响主要有三。
最大的影响莫过于房地产业暴利时代的结束。对房地产企业所开发项目的增值部分征收累进税，将会大大压缩房地产企业的利润空间。虽然土地增值税的征收工作早已进行，但各地一般实行预缴制度，按照销售额的1％或2％预先缴纳，待项目结束后重新核算并多退少补。这种做法虽然合理，不过房地产公司也往往利用这一制度产生的漏洞，通过延长销售时间、保留项目公司等手段规避最后的税收清算，实际达到了避税的效果。国税总局此次通知所要求的规定比以往严格许多，这将使土地增值税的征收更加积极有效，因而会压缩房地产企业的合法利润空间。当然，开发商对于税政风暴依然会采取各种方法避税，包括加大开发成本等方法。不管怎样，房地产企业暴利时代必然终结。
第二个影响是将导致房地产业的合并重组，一些小项目公司将倒闭。从一般开发商的运作情况看，其都是利用土地增值税的预缴制度，实际在项目公司存续期内，尽可能避免土地增值税的清算和缴纳。这种避税措施实际为开发商进行下一期的开发活动提供了资金。一旦土地增值税受到严格征管，那么中小开发商的资金供应将受到制约，其无法进行多期的房地产开发工作，部分企业由于资金链断裂而倒闭，房地产业可能形成大企业主导市场的局面。
第三个影响是囤积土地现象将得到抑制。由于土地增值税实行累进税率，那么所开发项目的利润空间越大，所缴税收就越多。这将对依靠囤积廉价土地而获取暴利的开发商造成直接打击。同时，土地增值税征收周期的缩短也使得开发商资金紧张，无力大规模囤积土地。
可以说，土地增值税的强行征收，将导致房地产业发生大规模的产业调整。利用税收政策压缩房地产业的利润空间，也表明产业政策意于抑制对该产业的投资，也就意味着国家实际否定了将房地产业作为支柱产业的政策倾向，转而鼓励民间资本投资实业。
从宏观经济角度看，对房地产业投资的抑制，实际是国家避免房地产泡沫化的政策选择，因而其具有积极意义。
当然，土地增值税在打击房地产投资的同时，并不会起到抑制房价的作用，其对房价走势的影响是复杂的。正面效果是，累进税制会抑制囤积土地现象，增加可开发土地的供给，从而抑制地价。从负面效果看，土地增值税可能从两个方面刺激房价继续走高。一个是直接影响，即开发商为了维持高额利润，进行税收转嫁，进而提升房价。另一个是间接影响，即开发商由于缴税而导致资金紧张，使得总体开发项目减少，市场供给下降，短期出现供不应求的局面。因而，如果要稳定房价，则还要出台抑制需求的相关政策，包括提高按揭首付比例、提高利率、征收物业税等。
土地增值税的征收实际伤到了房地产业里的中小企业，并将促成该产业的结构调整。而如果国家没有继续推出抑制需求的相关政策，那么税收政策的执行将促使房价进一步提高，进而伤到购房人的利益。
但不管政策的短期负面效果如何，对于中国经济而言，这多少是一剂苦口的良药。
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观察：土地增值税到底伤了谁？ 这恐怕是个问题
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