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2006年12月26日，国务院办公厅颁布的《关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》（（国办发〔2006〕100号，以下简称“100号文”）正式亮相，此前酝酿之中的“土地出让金收支两条线管理”等多项改革措施于2007年1月1日起正式实施。
“100号文”的主要内容包括：建立土地出让收入收支专户、土地出让收入全额进入地方预算、土地出让收入的分配体制、建立国有土地收益基金等。
内容丰富的“100号文”发布后立刻引起业界关注。业内人士表示，“100号文”不仅是土地出让收入管理的里程碑式文件，更为今后土地深层次改革和土地管理法规的修改奠定了基础。
“中央的想法是，把土地出让收入纳入到统一管理的模式，实现出让收入的透明化管理。”中国社会科学院经济所教授汪利娜如是评价。
建立土地收益基金
建立国有土地收益基金是国家首次明确提出的要求。“100号文”称，“为加强土地调控，由财政部门从缴入地方国库的土地出让收入中划出一定比例资金，用于建立国有土地收益基金。”
事实上，国土部门早就提出过建立国有土地收益基金的建议。国土资源部土地利用司副司长束克欣此前曾表示，土地一级开发应减少对银行资金的依赖，“我们不要老给银行‘打工’，政府部门应该多拿点钱，共同把土地市场‘蛋糕’做大。”而这个“钱”就是指土地出让金。
北京市已经进行了国有土地收益基金的探索。北京市土地整理储备中心有关负责人向记者证实，该中心已经委托清华大学房地产研究所等机构做一个土地储备基金的课题。
清华大学房地产研究所所长刘洪玉介绍，该课题的基本思路是通过土地二级市场回款成立一个土地储备基金，为土地一级开发时间超过两年的项目提供银行贷款担保，或者直接参与资金短缺的项目。
根据“100号文”的要求，“国有土地收益基金主要用于土地储备收购。土地收益基金实行分账核算，具体比例由省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府确定，并报送财政部和国土资源部备案。”
北京市土地整理储备中心副主任陈倩表示：“这是一个三方（政府部门、银行、企业）协作、管理三位一体、资金封闭运作的土地一级开发融资模式。”
明确实施“收支两条线”
2006年5月17日，温家宝总理便提出土地出让金“收支两条线” 的管理要求。此次“100号文”明确了这一思路：“建立健全年度土地出让收支预决算管理制度，土地出让收入预算按照上年土地出让收入情况、年度土地供应计划、地价水平等因素编制；土地出让支出预算根据预计年度土地出让收入情况，按照年度土地征收计划、拆迁计划以及规定的用途、支出范围和支出标准等因素编制。”
“100号文”还对土地收益分配做出进一步明确规定：土地出让收入使用范围，除征地和拆迁补偿支出、土地开发支出、城市建设支出等之外，增加了计提国有土地收益基金、城镇廉租住房保障支出、支付破产或改制国有企业职工安置费支出、支农支出等新范围。
而2004年之前，土地出让收益主要用于城市建设和城市土地开发，即“取之于农，用之于城”。
近来有关部门还提出过用于廉租房（份额15%，由建设部提出）、用于反哺农业（份额未定，由国土资源部提出）等多种方案。
对于土地出让金分配比例，“100号文”却未做出明确规定。一位业内人士表示：“此次土地出让金分配方案中没有具体比例，主要是涉及到几个部门之间有些不同看法，需要在落实中适当调整。”
土地财产处分权是关键
“100号文”的执行情况也是专家关注的问题之一。汪利娜表示，“100号文”的出台并不一定能解决出让收入的全部问题，“这是加大行政监督成本的一种做法。因为，对于地方政府土地出让收入的数量，有关部委根本没有办法来全面掌握地方土地出让收入的情况。因此中央对地方政府土地出让收入的监控成效也就要打个问号。”
汪利娜认为，出现这种情况的原因归根结底是我国的土地出让制度并不健全，“通过‘招拍挂’方式出让的经营性用地，在全部出让的土地中比例很少，大概仅占30%。”
“这导致地方政府对土地出让收入规模和总量不能完全掌握，这是有关部门面临的一个尚待解决的难题。”汪利娜表示。
陈倩也坦言，建立土地储备基金的工作有难度，“我们目前还在进行的是如何与银行贷款的对接，土地储备基金的各种理论探讨也在进行。这也是未来国有土地收益基金将面临的新问题。”
中国土地勘测设计研究院原院长、国土资源部咨询研究中心研究员程烨表示，土地出让收入的根本问题是土地所有权问题，“土地所有权包括了土地占有权、收益权、使用权和处分权，地方政府代表中央政府对辖区内的土地有行政管理权力，所以在占有、使用和收益权利上没有问题，但是否有土地财产的处分权却是一个值得商榷的问题。”
他认为，土地出让行为就是土地财产的处分权，这是一个民事权，也是土地所有权的核心，地方政府是否可以对土地出让收入行使民事处分权还不得而知，“明确地方政府在土地收入的处分权问题，才是解决中央和地方政府在土地收入问题上的关键。”
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国务院办公厅100号文 勾勒土地出让金分配路径
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